MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis chromosome

Total Repeats: 22944

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010280	TCTT	2	8	110	117	0 %	75 %	0 %	25 %	166154849
2	NC_010280	GAA	2	6	139	144	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154849
3	NC_010280	AG	3	6	147	152	50 %	0 %	50 %	0 %	166154849
4	NC_010280	AG	3	6	201	206	50 %	0 %	50 %	0 %	166154849
5	NC_010280	TAA	2	6	258	263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154849
6	NC_010280	A	6	6	262	267	100 %	0 %	0 %	0 %	166154849
7	NC_010280	ACA	2	6	299	304	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	166154849
8	NC_010280	TTGT	2	8	305	312	0 %	75 %	25 %	0 %	166154849
9	NC_010280	A	7	7	330	336	100 %	0 %	0 %	0 %	166154849
10	NC_010280	TCA	2	6	356	361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154849
11	NC_010280	ATA	2	6	413	418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154849
12	NC_010280	ATG	2	6	431	436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154849
13	NC_010280	CATG	2	8	468	475	25 %	25 %	25 %	25 %	166154849
14	NC_010280	TTG	2	6	494	499	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154849
15	NC_010280	ATG	2	6	511	516	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154849
16	NC_010280	TC	3	6	579	584	0 %	50 %	0 %	50 %	166154849
17	NC_010280	TTC	2	6	636	641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	166154849
18	NC_010280	AAG	2	6	695	700	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154849
19	NC_010280	GAA	3	9	724	732	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154849
20	NC_010280	TGA	2	6	746	751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154849
21	NC_010280	GA	3	6	792	797	50 %	0 %	50 %	0 %	166154849
22	NC_010280	GGT	2	6	813	818	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	166154849
23	NC_010280	GCT	2	6	856	861	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	166154849
24	NC_010280	GGT	2	6	872	877	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	166154849
25	NC_010280	AAAG	2	8	883	890	75 %	0 %	25 %	0 %	166154849
26	NC_010280	TAA	2	6	893	898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154849
27	NC_010280	TTA	2	6	907	912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	166154849
28	NC_010280	AG	3	6	920	925	50 %	0 %	50 %	0 %	166154849
29	NC_010280	GCTA	2	8	975	982	25 %	25 %	25 %	25 %	166154849
30	NC_010280	GA	3	6	1000	1005	50 %	0 %	50 %	0 %	166154849
31	NC_010280	GAA	2	6	1016	1021	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154849
32	NC_010280	GCA	2	6	1028	1033	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_010280	GAG	2	6	1047	1052	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	166154850
34	NC_010280	GCGTA	2	10	1071	1080	20 %	20 %	40 %	20 %	166154850
35	NC_010280	TCT	2	6	1149	1154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	166154850
36	NC_010280	CTT	2	6	1186	1191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	166154850
37	NC_010280	TAA	3	9	1216	1224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154850
38	NC_010280	AAT	2	6	1274	1279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154850
39	NC_010280	CATG	2	8	1294	1301	25 %	25 %	25 %	25 %	166154850
40	NC_010280	TATCCA	2	12	1306	1317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154850
41	NC_010280	A	6	6	1338	1343	100 %	0 %	0 %	0 %	166154850
42	NC_010280	AGAT	2	8	1346	1353	50 %	25 %	25 %	0 %	166154850
43	NC_010280	AGGA	2	8	1424	1431	50 %	0 %	50 %	0 %	166154850
44	NC_010280	TATGG	2	10	1436	1445	20 %	40 %	40 %	0 %	166154850
45	NC_010280	TC	3	6	1446	1451	0 %	50 %	0 %	50 %	166154850
46	NC_010280	TCT	2	6	1470	1475	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	166154850
47	NC_010280	T	6	6	1475	1480	0 %	100 %	0 %	0 %	166154850
48	NC_010280	GAA	2	6	1549	1554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154850
49	NC_010280	AGG	2	6	1604	1609	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	166154850
50	NC_010280	TGT	2	6	1638	1643	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154850
51	NC_010280	ACA	2	6	1710	1715	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	166154850
52	NC_010280	TTTCG	2	10	1720	1729	0 %	60 %	20 %	20 %	166154850
53	NC_010280	TGA	2	6	1743	1748	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154850
54	NC_010280	TG	3	6	1790	1795	0 %	50 %	50 %	0 %	166154850
55	NC_010280	GTCT	2	8	1837	1844	0 %	50 %	25 %	25 %	166154850
56	NC_010280	CAA	2	6	1900	1905	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	166154850
57	NC_010280	TAA	2	6	1911	1916	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154850
58	NC_010280	TCT	2	6	1920	1925	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	166154850
59	NC_010280	GAA	2	6	1929	1934	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154850
60	NC_010280	A	6	6	1933	1938	100 %	0 %	0 %	0 %	166154850
61	NC_010280	TAA	2	6	1990	1995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154850
62	NC_010280	GAG	2	6	2005	2010	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	166154850
63	NC_010280	TTTG	2	8	2044	2051	0 %	75 %	25 %	0 %	166154850
64	NC_010280	CCTT	2	8	2067	2074	0 %	50 %	0 %	50 %	166154850
65	NC_010280	CTT	3	9	2150	2158	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	166154850
66	NC_010280	TAA	2	6	2230	2235	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154850
67	NC_010280	A	6	6	2245	2250	100 %	0 %	0 %	0 %	166154850
68	NC_010280	CAG	2	6	2275	2280	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	166154850
69	NC_010280	AAGG	2	8	2314	2321	50 %	0 %	50 %	0 %	166154850
70	NC_010280	AAC	2	6	2426	2431	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	166154850
71	NC_010280	T	8	8	2478	2485	0 %	100 %	0 %	0 %	166154851
72	NC_010280	T	7	7	2491	2497	0 %	100 %	0 %	0 %	166154851
73	NC_010280	GAG	2	6	2502	2507	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	166154851
74	NC_010280	T	6	6	2517	2522	0 %	100 %	0 %	0 %	166154851
75	NC_010280	CTT	2	6	2566	2571	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	166154851
76	NC_010280	T	6	6	2591	2596	0 %	100 %	0 %	0 %	166154851
77	NC_010280	ATT	2	6	2663	2668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	166154851
78	NC_010280	T	6	6	2746	2751	0 %	100 %	0 %	0 %	166154851
79	NC_010280	T	6	6	2758	2763	0 %	100 %	0 %	0 %	166154851
80	NC_010280	GTC	2	6	2792	2797	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	166154851
81	NC_010280	AGG	2	6	2815	2820	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	166154851
82	NC_010280	AG	3	6	2843	2848	50 %	0 %	50 %	0 %	166154851
83	NC_010280	T	6	6	2872	2877	0 %	100 %	0 %	0 %	166154851
84	NC_010280	ATT	2	6	2885	2890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	166154851
85	NC_010280	TAA	3	9	2920	2928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010280	T	6	6	2940	2945	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010280	T	6	6	2963	2968	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010280	ATC	2	6	3047	3052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154852
89	NC_010280	T	7	7	3060	3066	0 %	100 %	0 %	0 %	166154852
90	NC_010280	ATG	2	6	3092	3097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154852
91	NC_010280	A	6	6	3131	3136	100 %	0 %	0 %	0 %	166154852
92	NC_010280	AAC	2	6	3200	3205	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	166154852
93	NC_010280	GAGAA	2	10	3215	3224	60 %	0 %	40 %	0 %	166154852
94	NC_010280	CT	4	8	3235	3242	0 %	50 %	0 %	50 %	166154852
95	NC_010280	ACA	2	6	3259	3264	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	166154852
96	NC_010280	A	7	7	3303	3309	100 %	0 %	0 %	0 %	166154852
97	NC_010280	TGCTT	2	10	3396	3405	0 %	60 %	20 %	20 %	166154852
98	NC_010280	TCA	2	6	3435	3440	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154852
99	NC_010280	GGT	2	6	3442	3447	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	166154852
100	NC_010280	TTG	2	6	3497	3502	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154852
101	NC_010280	AAG	2	6	3591	3596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
102	NC_010280	AGC	2	6	3645	3650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	166154852
103	NC_010280	TGG	2	6	3710	3715	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	166154852
104	NC_010280	GAA	2	6	3730	3735	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
105	NC_010280	TGG	2	6	3748	3753	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	166154852
106	NC_010280	A	6	6	3775	3780	100 %	0 %	0 %	0 %	166154852
107	NC_010280	TCT	2	6	3805	3810	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	166154852
108	NC_010280	ATG	2	6	3884	3889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154852
109	NC_010280	AAG	2	6	3895	3900	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
110	NC_010280	CTT	2	6	3905	3910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	166154852
111	NC_010280	TCA	2	6	3971	3976	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154852
112	NC_010280	TTG	2	6	4015	4020	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154852
113	NC_010280	TGT	2	6	4034	4039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154852
114	NC_010280	CT	3	6	4096	4101	0 %	50 %	0 %	50 %	166154852
115	NC_010280	TC	3	6	4140	4145	0 %	50 %	0 %	50 %	166154852
116	NC_010280	AGA	2	6	4151	4156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
117	NC_010280	CAA	2	6	4223	4228	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	166154852
118	NC_010280	AAG	2	6	4277	4282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
119	NC_010280	A	7	7	4299	4305	100 %	0 %	0 %	0 %	166154852
120	NC_010280	AGC	2	6	4322	4327	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	166154852
121	NC_010280	TTTG	2	8	4348	4355	0 %	75 %	25 %	0 %	166154852
122	NC_010280	AAG	2	6	4408	4413	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
123	NC_010280	TGCT	2	8	4430	4437	0 %	50 %	25 %	25 %	166154852
124	NC_010280	A	6	6	4492	4497	100 %	0 %	0 %	0 %	166154852
125	NC_010280	GTTT	2	8	4578	4585	0 %	75 %	25 %	0 %	166154852
126	NC_010280	TAT	2	6	4586	4591	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	166154852
127	NC_010280	AAG	2	6	4635	4640	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
128	NC_010280	CAGC	2	8	4657	4664	25 %	0 %	25 %	50 %	166154852
129	NC_010280	AG	3	6	4670	4675	50 %	0 %	50 %	0 %	166154852
130	NC_010280	AGA	2	6	4683	4688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
131	NC_010280	GAA	2	6	4690	4695	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
132	NC_010280	ACT	2	6	4708	4713	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154852
133	NC_010280	AAAC	2	8	4737	4744	75 %	0 %	0 %	25 %	166154852
134	NC_010280	AGA	2	6	4791	4796	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
135	NC_010280	AG	3	6	4848	4853	50 %	0 %	50 %	0 %	166154852
136	NC_010280	GAA	2	6	4870	4875	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
137	NC_010280	AATC	2	8	4896	4903	50 %	25 %	0 %	25 %	166154852
138	NC_010280	GTT	2	6	4963	4968	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154852
139	NC_010280	ACTGT	2	10	5098	5107	20 %	40 %	20 %	20 %	166154852
140	NC_010280	AAG	2	6	5116	5121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154852
141	NC_010280	TCT	2	6	5140	5145	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	166154852
142	NC_010280	CAA	2	6	5196	5201	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_010280	TTG	2	6	5207	5212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010280	GAA	2	6	5243	5248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010280	ACA	2	6	5278	5283	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_010280	A	7	7	5301	5307	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_010280	AGC	2	6	5315	5320	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_010280	AG	3	6	5331	5336	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010280	CCTT	2	8	5366	5373	0 %	50 %	0 %	50 %	166154853
150	NC_010280	ATTCT	2	10	5382	5391	20 %	60 %	0 %	20 %	166154853
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152	NC_010280	T	8	8	5514	5521	0 %	100 %	0 %	0 %	166154853
153	NC_010280	AGA	2	6	5575	5580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154853
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155	NC_010280	TCA	2	6	5752	5757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154853
156	NC_010280	TAT	2	6	5774	5779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	166154853
157	NC_010280	TTG	2	6	5872	5877	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154853
158	NC_010280	ATT	2	6	5936	5941	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	166154853
159	NC_010280	CTTT	2	8	5961	5968	0 %	75 %	0 %	25 %	166154853
160	NC_010280	AGA	3	9	6001	6009	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154853
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164	NC_010280	AGA	2	6	6163	6168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	166154853
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172	NC_010280	TTCG	2	8	6642	6649	0 %	50 %	25 %	25 %	166154854
173	NC_010280	GT	3	6	6651	6656	0 %	50 %	50 %	0 %	166154854
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175	NC_010280	TTG	2	6	6700	6705	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154854
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178	NC_010280	TTCT	2	8	6760	6767	0 %	75 %	0 %	25 %	166154854
179	NC_010280	TTG	2	6	6881	6886	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154854
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181	NC_010280	GTT	2	6	6945	6950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	166154854
182	NC_010280	TGG	2	6	6958	6963	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	166154854
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253	NC_010280	GA	4	8	10118	10125	50 %	0 %	50 %	0 %	166154855
254	NC_010280	AGT	2	6	10151	10156	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	166154855
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258	NC_010280	GCTT	2	8	10419	10426	0 %	50 %	25 %	25 %	166154855
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261	NC_010280	TAA	2	6	10509	10514	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	166154855
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267	NC_010280	AG	3	6	10690	10695	50 %	0 %	50 %	0 %	166154856
268	NC_010280	TCT	2	6	10709	10714	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	166154856
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270	NC_010280	ACT	2	6	10741	10746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	166154856
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